Slice timing correction 개요
- Slice timing은 부피 영상 획득 시점을 의미합니다. 때때로 전처리 단계에서 slice timing correction을 적용하지 않는 경우도 있습니다.
- 그렇지만 fMRI 통계 분석은 BOLD 신호의 time course를 분석하는데 목적이 있기 때문에, 자극 제시와 관련하여 정확한 시간을 계산하는 것이 중요합니다.
- 예들 들어, TR(개별 volume 획득 시간)이 2초고 30개의 slice를 수집한다고 가정했을 때, 한 slice의 획득 시간(TR/slice)은 약 66.66초(2000/30) 입니다. Slice timing correction은 표집 시간의 차이를 교정합니다. 아래 그림을 참고해주세요.
- slice timing correction과 realignment의 처리 순서는 가변적일 수 있는데 그 절차에 따라 차이가 발생합니다. 만약 slice를 순차적으로(예, 위에서 아래로, 아래에서 위로) 획득했다면 realignment를 먼저 진행하는 것이 권장됩니다.
- 움직임이 심한 경우 slice timing correction이 먼저 실시된다면 움직임과 관련 있는 MRI 신호 강도의 차이가 전 신호에 걸쳐 퍼질 수 있다는 문제가 있기 떄문입니다.
- 하지만 slice timing correction을 권장하지 않는 사람들도 있습니다. 그 이유는 아래의 슬라이드를 참고해주세요.
 |
| 이 자료의 출처를 아는 분들은 제보 바랍니다. |
SPM에서 Slice timing을 교정하는 방법
1. Slice timing 선택
- 먼저 SPM에서 slice timing을 선택합니다. 두 가지 방법이 있으며 아래 그림을 참고해주시면 됩니다.
2. fMRI 영상 추가
- slice timing을 선택하고 나면 다음과 같은 화면이 나타날 것입니다.
- 여기서 [Data]를 더블클릭하고 fMRI 영상이 있는 directory에서 fMRI scan을 추가해주세요. 만약 realignment를 먼저 했다면 realignment된 fMRI scan을 추가해주시면 됩니다.
- 만약 여러 세션동안 영상을 획득했다면 세션마다 fMRI scan을 추가해야 합니다. 이 전에 올린 realignment(링크)에서 세션별로 자료 추가 방법 올린 것을 참고해주시면 됩니다.
3. 설정값 입력
- Slice timing correction에서는 다음과 같은 입력값이 필요합니다.
- Number of slice: TR마다 얻어지는 단면 획득 수 입니다(예, 36).
- TR: 개별 volume을 획득하는데 걸리는 시간(초)입니다(예, 2).
- TA: TR-(TR/number of slice)로 계산해서 넣으면 됩니다(예, 2-(2/38)=1.94444).
- Slice order: 단면 획득 순서를 의미합니다. Sequential 방식으로 단면을 얻었는지, interleaved 방식으로 얻었는지에 따라 입력 방법이 다릅니다. 자세한 절차는 아래 그림을 참고해주세요.
- Reference slice: 의미 그대로 참조하는 slice입니다. 일반적으로 TR의 중간 시점에서 얻어진 slice를 사용합니다. 예를 들어, 각 volume이 decending 방식으로 얻어진 36개의 slice로 구성되었다고 하면 중간값인 18을 입력하면 됩니다.
4. 결과물
- Filename prefix: 파일명에 'a'가 추가된 것을 확인해주세요.
- 그 외에 다른 출력물들은 없습니다.
마치며
fMRI 전처리에서 두 번째 단계 단계인 단면 획득 시간 보정(slice timing correction)에 대해서 다뤘습니다. 이 과정이 필요하다, 필요하지 않은지 여부가 논쟁이 되고 있습니다. 지금은 어떻게 결론이 났는지는 모르겠네요. 다만, time course를 추출해서 분석하려는 생각이 있다면 이 과정을 거치는게 좋지 않을까 하는 생각은 들었습니다. 혹시 궁금한 점이 있으면 문의주세요. 이만 마치도록 하겠습니다 :)
다시보기
0). SPM을 이용한 fMRI 전처리 개요(링크)
1). SPM을 이용한 realignment(링크)
5). SPM을 이용한 normalization(링크)6). SPM을 이용한 smoothing(링크)
: Slice timing correction){kind=link}
0 댓글